西暦5012年。 突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、 彼らが生み出した＜機械生命体＞により、 人類は絶滅の危機に陥った。 月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、 ＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。 しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、 戦いは膠着状態に陥る。 人類は最終兵器として、 新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を 地球へと派遣した。 西暦11945年。 「第243次降下作戦」が決行され、 新たに＜ヨルハ＞部隊の＜2B＞と＜9S＞が 地球へと派遣される。 両名は機械生命体の基幹ユニット＜アダム＞及び ＜イヴ＞の撃破に成功。 これを敵の殲滅、及び永きに亘る 戦争終結への好機と捉えた＜人類軍＞は、 機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。 これは運命に翻弄された＜アンドロイド＞たちの、 戦いと願いの記録――。